John Brodie

Continuò l'esperimento della Shotgun e Brodie divenne il simbolo dei 49ers nel bene e nel male.

Tittle fu ceduto ai NY Giants, Perry ai Colts e McElhenny a Minnesota : con la loro cessione finiva definitivamente un'era.

La vittoria più eclatante i 49ers la ottennero contro i Detroit Lions per 49-0. Brodie giocò un'ottima stagione ed i 49ers ebbero l'opportunità di partecipare al Runner up Bowl, a Miami, o di arrivare al quinto posto assoluto nell'ultima giornata.

Fu comunque una buona stagione.

1962
Sotto il .500

Per la prima volta dal '56 i 49ers disputarono una stagione che si concluse con un record inferiore al .500. La stagione finì con un 6-8, 1 partita vinta su 7 giocate al Kezar Stadium e con 5 vinte su 7 giocate in trasferta.

1963
Finisce l'era di "Mr Shotgun" Hickey

I Niners cominciano la stagione in maniera disastrosa con tre pessime sconfitte, incluso un massacro ad opera dei Vikings per 45 a 14.
Il 30 settembre Red Hickey rassegnò le dimissioni ed il suo assistente Jack Christiansen venne promosso a capo allenatore.
Cambiò poco e 2-12 fu il verdetto finale.

Stagione martoriata dagli infortuni ai giocatori chiave, Brodie compreso che non giocò a causa di una frattura al braccio.

Unica nota positiva la vittoria contro i Chicago Bears, campioni in carica, nell'ultima partita, per 20-14. Fu l'unica sconfitta stagionale per i Bears.

1964
Altre delusioni

Victor P. Morabito morì di infarto come il fratello Tony nel maggio del '64.

Le mogli dei due fratelli scelsero Lou Spadia come nuovo presidente della squadra, ma gli infortuni continuarono a giocare un ruolo importante pur senza impedire ai 49ers di mettere in luce una delle più forti difese della Lega ed alcuni giovani come George Mira (QB), Dave Wilcox (LB) e Dave Parks (E).

La stagione finì con un deludente record di 4-10.

1965
La fine del tunnel?

Dave Wilcox

In una stagione terminata con il record di 7-6-1, i 49ers giocarono egregiamente in attacco che risultò essere il migliore della Lega, segnando 30 punti di media a partita.

I 49ers si imposero sui Chicago Bears per 52-24, stabilendo il nuovo record di punti segnati in una singola partita.

Brodie giocò un'altra eccellente stagione con 30 passaggi da TD, così come Parks (WR), miglior ricevitore della Lega, Ken Willard (FB) e John David Crow (HB).

1966
Si va avanti

Stagione che i 49ers cominciarono con il freno a mano tirato prima di ingranare la marcia giusta e finire 6-6-2 e battagliare per l'eventuale secondo posto nella Western Division fino alla fine.

Brodie disputò una stagione per certi versi riprovevole, con 22 passaggi intercettati.

Alla fine 6 giocatori parteciparono al ProBowl: Dave Parks (WR), Howard Mudd (G), John Thomas (G), Bruce Bosley (C), Ken Willard (FB) e Dave Wilcox (LB).

1967
Fuori anche Jack Christiansen

Ottimo inizio (5-1), ma ancora una volta i molti infortuni ridussero i ranghi della squadra che perse sei partite di fila.

Poi George Mira (QB) riuscì a portare la squadra alla vittoria nelle due ultime partite.
7-7 fu il record finale ma il 20 dicembre del 1967 Christiansen fu licenziato con un record personale di 26-38-3.

1968
Un nuovo allenatore

Finalmente una stagione non minata dagli infortuni, ma con un allenatore nuovo in cabina di regia, Dick Nolan, che condusse la squadra a finire stagione con il record di 7-6-1.

Ken Willard giocò la sua miglior stagione correndo per 967 yds e 7 TD; Brodie risultò essere il terzo miglior QB della NFC anche se fu intercettato per 21 volte.

Comunque la difesa non giocò una grande stagione e finì con l'essere la terza peggiore nelle yards concesse su passaggio di tutta la Lega.

1969
Infortuni, infortuni ed ancora infortuni

Jimmy Johnson

Un'altra stagione segnata dagli infortuni ed altro record negativo (4-8-2), ma 5 giocatori furono convocati per il ProBowl: Jimmy Johnson (HB), Dave Wilcox (LB), Ken Willard (FB), Elmer Collett (G) ed il rookie Gene Washington (WR) che diventerà una delle chiavi dell'attacco per le stagioni a venire.

1970
La luce

Nonostante la pessima stagione '69, il nucleo della squadra rimase pressochè intatto, ma questa volta al completo in quanto privo di infortuni vari.

La squadra si dimostrò fin da subito determinata, grintosa e concentrata ed il record finale si andava costruendo passo dopo passo con piccoli aggiustamenti e migliorie xhe portarono al grande risultato finale.

Gene Washington

La linea offensiva protesse Brodie molto efficacemente permettendogli di lanciare per 24 TD e solo 10 intercetti (pochi se paragonati alle stagioni precedenti) sackato solo 8 volte.

Gene Washington (WR) giocò superlativamente e ricevette passaggi per 1.110 yds e 12 TD.

Nolan decise di ruotare spesso gli uomini della difesa per permettere di conservare meglio le energie dei giocatori chiave e la mossa si rivelò azzeccata tanto che la difesa finì per essere la terza migliore della Lega contro i passaggi.

La partita finale, giocatasi contro gli Oakland Raiders serviva per decidere il primo posto della Western Division.

I 49ers vinsero per 38-7 e si aggiudicarono il primato con il record di 10-3 e l'accesso ai Playoff contro i Minnesota Vikings, da giocare nel freddo di Minneapolis.

Tempo, pubblico e pronostici erano a sfavore dei Niners, ma Brodie ed una solida difesa, che limitò l'attacco dei Vichinghi, portarono alla vittoria San Francisco per 17-14.

Per la prima volta i 49ers giocavano per il titolo della NFC.

Bruce Taylor

Al Kezar Stadium attendevano la squadra con cui iniziò una nuova grande rivalità: quella contro i Dallas Cowboys, destinata a rinverdirsi periodicamente fino a tempi recenti.

Il punteggio era di 3-3 alla fine del primo tempo ma due TD su altrettanti intercetti portarono i Mandriani alla vittoria per 17-14.

L'incubo dei Browns si materializzava nuovamente nella squadra texana, ma alla fine dell'anno Brodie fu nominato giocatore dell'anno della NFL, Bruce Taylor (CB) rookie dell'anno, e Dick Nolan allenatore dell'anno della NFC.

Brodie, Washington, Dave Wilcox (LB), Jimmy Johnson (HB) e Len Rohde (T) furono scelti per il ProBowl.